PiscAmp

PiscAmp

PiscAmp est une bibliothèque écrite en JavaScript permettant de comparer et aligner des séquences dans votre navigateur. Cette interface vous permet d'essayer les fonctions d'alignement multiple. PiscAmp a déjà été intégré à des projets pédagogiques comme GenieGen 2. Consultez la documentation pour intégrer la bibliothèque à un autre projet.

 
 
 
 

Légende :

  • Nature :

  • 🧬 Acides nucléiques
  • 🥩 Protéines

  • Comparaison :

  • * Identité
  • . Différence

  • Bases azotées :

  • A Adénine
  • T Thymine
  • C Cytosine
  • G Guanine
  • U Uracile

  • Acides aminés :

  • RKH Chargés positivement (hydrophiles)
  • DENQ Amides ou chargés négativement (hydrophiles)
  • FYW Aromatiques non chargés
  • LVMI Aliphatiques (hydrophobes)
  •  
  • AG Très petits
  • ST Ayant un groupe hydroxyle (petits et hydrophiles)
  • C Très conservé, capable de former des ponts disulfures
  • P Très conservé, conformation spéciale très rigide

Console

À propos

PiscAmp (Partitionnement par Identification des Sous-chaines Communes et Alignement Multiple Progressif) est une bibliothèque d'alignement multiple de séquences écrite en JavaScript. Vous pouvez intégrer PiscAmp gratuitement à votre site Internet ou à votre application en citant simplement l'origine de la bibliothèque. L'algorithme de PiscAmp peut aussi être analysé à des fins pédagogiques par les étudiants en bioinformatique.

Dernière mise à jour : . Version : .

Auteur : Damien Aubert Pennequin.Email de l'auteur

icône de licenceLicence : La bibliothèque et le démonstrateur PiscAmp sont distribués sous licence GNU GPLv3. Cette licence vous autorise à utiliser, copier, étudier, modifier et redistribuer ce logiciel, à condition que toute version modifiée ou dérivée soit diffusée sous la même licence et que le texte intégral de la licence soit fourni lors de toute redistribution. Pour plus de détails sur vos droits et obligations, veuillez consulter le fichier LICENSE ou le texte intégral à l'adresse https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html. La bibliothèque BioMSA de Paul Pillot est sous licence MIT. Elle est utilisée uniquement pour les fonctions de benchmark du démonstrateur, ne fait pas partie de PiscAmp et n'est pas incluse dans la bibliothèque téléchargée avec le bouton dédié du démonstrateur ni dans le dépôt de la Forge.

Code source : Tous les fichiers du code source de la bibliothèque et du démonstrateur de PiscAmp sont disponibles sur ce dépôt de la Forge des communs numériques éducatifs.

RGPD : Cette application est compatible RGPD. Elle ne collecte aucune donnée. Elle n'utilise aucun cookie. Toutes les tâches s'exécutent côté client. Seules les fonctions de benchmark (qualité et vitesse) du démonstrateur font appel à la bibliothèque BioMSA de Paul Pillot chargée depuis un serveur tiers (CDN), ce qui déclenche une requête auprès de ce fournisseur.

Enregistrer les séquences

Benchmark de qualité

Comparez les scores et les durées d'alignements obtenus avec différentes méthodes à partir de fichiers FASTA ou ALN. Les méthodes BioMSA sont externes à PiscAmp. La durée du benchmark dépend du nombre et de la complexité des fichiers que vous choisirez. Les résultats sont fournis sous la forme d'un fichier CSV.

Benchmark de vitesse

Mesurez la durée d'exécution d'une méthode sur plusieurs jeux de séquences synthétiques, en faisant varier le nombre de séquences, leur longueur et leur degré de divergence. Les méthodes BioMSA sont externes à PiscAmp. Selon les paramètres et la machine, ce test peut être long. Les résultats sont fournis sous la forme d'un fichier CSV.

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